Acidi peptidonucleici per distruggere il G-quadruplex di alcuni promotori oncogenici

We investigate the interactions of the short complementary peptide nucleic acids (PNAs) with the DNA of two oncogenic promoters, Ckit1 and C-myc-23456, that including G-quadruplexes structures (G4). Some different length PNAs were designed. CD spectroscopy and FRET experiments allowed exploring the effects of the PNAs on the G4 structure. Longer PNAs, targeting a sequence including G-tetrad, seem to destabilize this secondary structure of DNA forming duplex DNA-PNA or triplex PNA-DNA-PNA structures. On the contrary, shorter PNAs, targeting only G4 loop, seem to stabilize G-quadruplex structure. We can suppose that PNA’s effect depends strongly on their length and on the sequence of DNA they are able to hybridize. Hence the PNAs are able to influence the G4 folding-unfolding equilibrium.

Abbiamo deciso di studiare le interazioni tra alcuni acidi peptidi nucleici complementari e il DNA di alcuni promotori oncogenici, Ckit1 e C-myc-23456, i quali formano strutture G-quadruplex (G4). Sono stati progettati PNA di diverse lunghezze e complementari a regioni differenti del DNA. Grazie a una serie di esperimenti condotti al CD ed esperimenti FRET, è stato possibile investigare gli effetti dei PNA sulle strutture G4. I PNA più lunghi, complementari a sequenze del DNA che includono anche le G delle tetradi, sembrano in grado di destabilizzare questa struttura secondaria, formando strutture duplex PNA-DNA o triplex PNA-DNA-PNA. Al contrario, i PNA più corti, complementari solamente alle sequenza del loop, sembrano stabilizzare la struttura G4. Possiamo quindi supporre che il comportamento dei PNA dipende fortemente dalla loro lunghezza e dalle sequenze che sono in grado di ibridare. I PNA sono quindi in grado di influenzare l’equilibrio folding-unfolding di strutture G4.