NIPT e anomalie cromosomiche: implementazione di un protocollo di analisi bioinformatica per l’identificazione della delezione 22q11.21 in epoca prenatale.

La scoperta del DNA fetale libero circolante (cell free fetal DNA, cffDNA) nel plasma materno, i recenti progressi nella tecnologia di sequenziamento del DNA, così come lo sviluppo di nuovi modelli statistici e bioinformatici, hanno aperto una nuova prospettiva nell’ambito dello screening prenatale consentendo lo sviluppo di un test prenatale non invasivo e maggiormente accurato rispetto ai test biochimici disponibili: il test prenatale non invasivo (Non Invasive Prenatal Test, NIPT). Il test NIPT ad oggi viene consigliato a tutte le gestanti che vogliano monitorare lo stato di salute fetale, in particolare per ottenere indicazioni circa eventuali anomalie cromosomiche nel nascituro. I metodi di sequenziamento sottostanti al test NIPT ad oggi disponibili sono due: il sequenziamento dell’intero genoma (whole genome) a bassa copertura e il sequenziamento mirato di loci specifici. Nel laboratorio di analisi Microgenomics S.R.L., i campioni sottoposti al test NIPT vengono processati mediante sequenziamento NGS whole genome. In tal modo, è possibile fornire alla coppia la possibilità di conoscere il rischio associato alla presenza di aneuploidie ascrivibili a ciascuno dei cromosomi autosomici e ai cromosomi sessuali. Inoltre, se richiesto, è possibile informarla riguardo alla presenza di CNVs di grandezza pari o maggiore alle 7Mb, potenzialmente presenti su qualsiasi cromosoma autosomico. Fino ad oggi, tale limite di risoluzione ha impedito di fornire un valore del rischio associato alla possibile presenza della delezione 22q11.21 che è associata al disturbo da microdelezione cromosomica più comune: la sindrome di DiGeorge. Al fine di offrire un servizio più accurato, il laboratorio ha deciso di implementare un sistema di analisi bioinformatica che permetta di indagare la possibile presenza della delezione 22q11.21. Pertanto, questo elaborato di tesi si propone di esporre una possibile soluzione per l’identificazione di quelle CNVs inferiori alle 7Mb, in particolar modo la delezione 22q11.21, arricchendo di conseguenza il numero di anomalie cromosomiche rilevabili mediante NIPT whole genome.