Studio della biodiversità batterica e fungina nel suolo di vigneti dell'Oltrepò Pavese

Il presente lavoro di tesi è stato svolto nell’ambito del progetto ATTIV-AREE finanziato da Fondazione Cariplo in collaborazione tra il Dipartimento di Scienze della Terra e dell’Ambiente e L’Università Cattolica del Sacro Cuore, sede di Piacenza. Nello specifico, lo scopo di questo studio è stato quello di valutare la biodiversità batterica e fungina del suolo di vigneti situati nell’Oltrepò pavese, sottoposti a diversa gestione agronomica (biologico, integrato, convenzionale) con e senza lavorazione meccanica. Il metodo utilizzato si basa sull’analisi di sequenza sfruttando sia l’approccio metagenomico che tecnologie di sequenziamento NGS. Dal DNA totale ottenuto da campioni di suolo vengono selezionate le comunità di interesse (batteri e funghi) con un approccio di tipo metagenomico. Vengono infatti prodotti, tramite amplificazione selettiva, ampliconi di comunità utilizzando, per quanto riguarda i batteri, primers che hanno come target la regione di DNA che codifica per la subunità 16S conservata del RNA ribosomale batterico; analogamente per le comunità fungine viene utilizzata come target la regione conservata ITS1. I tratti genici considerati contengono al loro interno regioni ipervariabili che permettono di differenziare i singoli individui, tramite l’analisi di sequenza. Gli ampliconi metagenomici sono sottoposti a sequenziamento su piattaforma Illumina®. Le sequenze ottenute sono in seguito sottoposte ad analisi bioinformatica utilizzando software dedicati per l’eliminazione delle sequenze errate e confrontate con le sequenze depositate in database di riferimento: Greengenes per i batteri e UNITE per i funghi. La composizione microbica dei singoli suoli viene messa in relazione con il tipo di gestione agricola e con le caratteristiche fisico chimiche dei suoli.