Oxford vs Pasteur: analisi bioinformatiche comparative per la valutazione di schemi MLST nel batterio Acinetobacter baumannii

Multilocus sequence typing is a bacterial typing technique used mostly in clinical microbiology. It is based on amplification and sequencing of high conserved genomic regions, in order to determine the allelic profile of each strains.Two are are available for the nosocomial bacterium Acinetobacter baumannii, the Oxford and the Pasteur scheme. Using the high resolution classification obtainable with whole genome sequencing, I aimed to evaluate these schemes in order to determine which one describes the pathogen evolution better. This was possible using bioinformatic approaches focused on phylogeny and analysis of genic content of publicly available bacterial genomes.

Il multilocus sequence typing (MLST) è una tecnica di tipizzazione batterica utilizzata soprattutto in microbiologia clinica. Si basa sull'amplificazione e sequenziamento di regioni geniche altamente conservate, al fine della determinazione del profilo allelico di ogni isolato. Per il batterio nosocomiale Acinetobacter baumannii sono disponibili due schemi di MLST, lo schema Oxford e quello Pasteur. Alla luce della maggiore risoluzione con cui è possibile classificare i batteri tramite whole genome sequencing, lo scopo di questo lavoro è stato determinare quale di questi meglio descrive l'evoluzione del patogeno, utilizzando diversi approcci bioinformatici che hanno riguardato l'analisi filogenetica e del contenuto genico dei ceppi utilizzati provenienti da un dataset pubblico.