INFERENCE OF STATISTICAL COUPLINGS FROM INTERACTING LATTICE PROTEINE DATA

In this work I studied the relationship between protein sequences and their structure through an inverse Potts model applied to simplified lattice proteins. In particular I carried out inference methods to obtain the statistical couplings between the protein amino acids and reconstruct the structure from the resulting contacts. I generalized to the case in which we have two interacting lattice proteins evolving together, where the amino acids sequences were obtained through different evolutionary models. I analyzed how the couplings changed in the course of evolution and how the interaction influenced the properties of the system.

In questo lavoro ho studiato la relazione fra la struttura delle proteine e le loro sequenze di amino acidi attraverso il modello di Potts inverso applicato a proteine semplificate su reticolo. In particolare ho applicato metodi di inferenza per ottenere gli accoppiamenti statistici fra gli amino acidi a partire dalle sequenze e quindi ricostruire la struttura dai contatti risultanti. Ho poi generalizzato al caso in cui si hanno due proteine su reticolo interagenti che evolvono insieme, le cui sequenze di amino acidi sono ottenute attraverso diversi modelli evolutivi. Ho analizzato come gli accoppiamenti sono cambiati nel corso dell'evoluzione e come l'interazione ha influenzato le proprietà del sistema.