Confronto dei repertori dei recettori delle cellule B nei pazienti con malattia di Crohn e nei controlli sintomatici utilizzando il sequenziamento Bulk RNA

Crohn’s disease (CD) is a chronic inflammatory bowel disease that mainly affects the distal ileum and colon, although any part of the gastrointestinal tract can be affected. It is a progressive disease that can lead to intestinal damage and disability, and its incidence is increasing worldwide. There are several factors such as environmental influences, genetics and the immune system and their interactions that contribute to the disease. The immune system, both adaptive and innate, plays a critical role in the development and progression of inflammatory bowel disease (IBD). While these two normally work together to protect the body from harmful pathogens, in IBD there is a dysregulation that leads to persistent inflammation in the gastrointestinal tract. In this study, we aimed to investigate and compare the B-cell receptor (BCR) repertoire in two groups, CD patients and symptomatic controls, to determine a difference between their repertoires. To this end, extracted RNA from 27 CD patients and 21 symptomatic controls was used for cDNA synthesis and DNA library construction. The DNA libraries were then pooled, and the pooled sample was sent for sequencing. After obtaining the sequencing results, data analysis was performed using R programming. The analysis of the data showed that antibodies such as IgG1, IgG2, IgA1 and IgA2 were more common in CD patients, while IgD and IgM were more common in symptomatic controls. Examination of the frequency of V-segments in CD patients and symptomatic controls also revealed that there was a significant difference between IGLV2-8 and IGLV3-19 in these two groups and that IGLV2-8 was more common in CD patients.

La malattia di Crohn (MC) è una malattia infiammatoria cronica dell'intestino che colpisce principalmente l'ileo distale e il colon, sebbene possa interessare qualsiasi parte del tratto gastrointestinale. È una malattia progressiva che può portare a danni intestinali e disabilità, e la sua incidenza è in aumento in tutto il mondo. Diversi fattori, come influenze ambientali, genetica e il sistema immunitario, e le loro interazioni contribuiscono allo sviluppo della malattia. Il sistema immunitario, sia adattativo che innato, svolge un ruolo cruciale nello sviluppo e nella progressione delle malattie infiammatorie croniche intestinali (IBD). Sebbene questi due sistemi normalmente lavorino insieme per proteggere il corpo da patogeni dannosi, nell'IBD c'è una disregolazione che porta a un'infiammazione persistente nel tratto gastrointestinale. In questo studio, abbiamo mirato a indagare e confrontare il repertorio del recettore delle cellule B (BCR) in due gruppi, pazienti con MC e controlli sintomatici, per determinare una differenza tra i loro repertori. A tal fine, l'RNA estratto da 27 pazienti con MC e 21 controlli sintomatici è stato utilizzato per la sintesi di cDNA e la costruzione di librerie di DNA. Le librerie di DNA sono state quindi raggruppate e il campione aggregato è stato inviato per il sequenziamento. Dopo aver ottenuto i risultati del sequenziamento, l'analisi dei dati è stata effettuata utilizzando la programmazione in R. L'analisi dei dati ha mostrato che anticorpi come IgG1, IgG2, IgA1 e IgA2 erano più comuni nei pazienti con MC, mentre IgD e IgM erano più comuni nei controlli sintomatici. L'esame della frequenza dei segmenti V nei pazienti con MC e nei controlli sintomatici ha anche rivelato che c'era una differenza significativa tra IGLV2-8 e IGLV3-19 in questi due gruppi e che IGLV2-8 era più comune nei pazienti con MC.