La red mark syndrome nella trota iridea Onchorhynchus mykiss: monitoraggio annuale tramite analisi di DNA ambientale

Red Mark Syndrome (RMS) is a chronic skin disease affecting rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) that has been reported worldwide and is responsible for downgrading the quality of the fish and, consequently, causing significant economic losses. The lesions, which vary in severity, are associated with the presence of Midichloria-like organisms (MLO), intracellular bacteria whose exact phylogenetic location is still under investigation. The aim of this study was twofold: on the one hand, to investigate the association between MLO and RMS through the application of molecular tools, and on the other, to provide an interpretative framework that contributes to understanding the etiology of the disease and the possible involvement of the ciliate protozoan I. multifiliis. The work carried out in this thesis involved an annual monitoring project carried out by taking water and sediment samples from a rainbow trout farm located in Storo, in the province of Trento. Particular emphasis was placed on the use of eDNA (environmental DNA), an informative resource that allows the detection of microbial agents without the need to directly use trout affected by the disease.

La Red Mark Syndrome (RMS), è una patologia cutanea cronica della trota iridea (Oncorhynchus mykiss), segnalata a livello mondiale e responsabile del declassamento della qualità del pesce e, conseguentemente, di ingenti perdite economiche. Le lesioni, variabili per gravità, sono infatti associate alla presenza del Midichloria-like organism (MLO), un batterio intracellulare la cui esatta collocazione filogenetica rimane tuttora oggetto di studio. L’obiettivo del presente lavoro è stato duplice: da un lato indagare l’associazione tra MLO e RMS mediante l’applicazione di strumenti molecolari, dall’altro fornire un quadro interpretativo che contribuisca alla comprensione dell’eziologia della malattia e al possibile coinvolgimento del protozoo ciliato I. multifiliis. Il lavoro svolto in questa tesi ha previsto un progetto di monitoraggio annuale effettuato attraverso il prelievo di campioni di acqua e sedimento da un allevamento di trote iridee situato a Storo, in provincia di Trento. Particolare enfasi è stata posta sull’uso dell’eDNA (environmental DNA), una risorsa informativa che consente di rilevare la presenza di agenti microbici senza la necessità di utilizzare direttamente trote affette dalla malattia.